我国公积金制度是由中央统一领导、地方自主管理的制度。这项制度不但满 足了住房建设对资金的需要，也解决了一大部分缴存职工的住房消费需要。但是 随着市场经济的建立与完善，国家法治化进程加快，金融市场的发展繁荣，住房 公积制度的“存废”讨论甚嚣尘上，这说明我国住房公积金制度在运行过程中存 在着很多不公平的表现，集中表现在逆向保障、制度救济、制度覆盖范围和缴存 覆盖率几个方面。
覆盖范围存在局限性
我国现行的住房公积金制度存在的问题是惠及到的范围不够宽广，大量的农 民工、个体商户和自由职业者等群体并没有纳入进这项保障中，因此也没有机会 享受这项制度带来的好处和优惠。
从 2000 年开始，城镇就业人员大幅增加，尤 其是城镇私营和个体就业人员在劳动力市场中的规模迅速扩大，其占城镇全部就 业者的比重从 1995 年的 11%大幅度提升到 2018 年的 56% 。制度的总体覆盖面 并没有发生明显扩大的趋势，从国家统计局发布的相关数据来看，公积金缴费人 数占城镇全体单位就业人数的比重一直稳定在 41% 至 46% 之间，表现为制度覆 盖面十分有限。
城镇就业人数在大幅增加，但住房公积金缴费人数的比率长期稳 定，说明后进入城镇劳动力市场的很多劳动者都没有缴纳住房公积金。
由于各种 各样的原因这部分人群没有参与到这项制度中来，不仅与其他群体的收入差距越 拉越大，而且也更加难以享受到这项制度对改善住房条件的支持，造成公平性缺 失。现阶段我国制度的覆盖范围人群较小，需要在日后不断地扩大这项制度地覆 盖范围，真正使那些需要帮助的缴存职工享受住房公积金制度的福利。
制度缴存覆盖率偏低
根据国家统计局发布的人口数据可以看出，截至到 2020 年 12 月份，统计数 据显示我国的就业人员已经超过 7.8 亿万人次，这其中，有 4.6 万人为城镇就业 人员，实际缴存职工超过 1.5 万亿人次，实缴人数仅占全国城镇就业总人数的 33%。
从理论上来讲这项制度是具有法律规定的强制性，可现实却截然相反，很 多单位都存在本来应该缴纳却没有缴纳的情况发生，并且很多的就业人员对住房 公积金制度没有足够的认识，因此很多单位的缴存意识也比较薄弱。这种低覆盖 率使得公积金制度无法发挥应有的效应，始终以一个低效的状态运行，不能充分 发挥它应有的价值。
制度救济缺乏必要手段
职工通过低息个人贷款，来提高人们的实际住房消费能力，这是社会中每一 位符合条件的缴存职工应该享有的基本权利。由于权利救济的渠 道不通畅，因此导致了大多数缴存职工并没有真正享受到这项保障制度所带来的 福利。
目前，对于缴存单位如果发生了欠缴的行为，有些地方的法规明确规定了 职工所享有的诉讼权利。但是，在具体执行规定的过程中，法院、劳动部门并没 有认真的受理这类案件。将这类纠纷分为两种情况：
第一种情况是由于缴存单位不办理缴 存登记所带来的纠纷，这种案件在住房公积金管理中心可以得到的行政救济效果 十分微弱。主要原因是由于当单位拒绝执行时的违法成本较低，许多的企业职工 并未能真正的享受这项制度所带来的福利待遇。
第二种情况是在办理了缴存登记 后，由于单位欠缴、拒缴引发的纠纷案件。在这类纠纷案件的处理上，管理中心 主要是以搞突击执法检查为主，并在规定的时间内集中对单位展开催缴工作。但 是由于管理中心人力和手段的局限性，住房公积金管理中心的行政救济力度也比 较薄弱，行政救济的执行效果也差强人意。
因此，仅单纯的依靠行政救济去解决这些纠纷是无法做到真正的保障缴存职 工的合法权益不受到损害。公积金管理中的应明确规定缴存 职工所应该享有的合法权益，并将它写入我国的法律法规当中，制定严格的监督 管理措施，明确单位所必须要履行的义务以及当缴存职工在提起行政诉讼时我国 的住房公积金管理中心所必须应该承担的义务，从而保证我国缴存职工的基本权 利不受损害。
缴费环节问题
我国的公积金制度通过强制性为居民养成一种储蓄习惯，将这些钱归集起来， 提升居民的支付消费能力并不断推进住房制度的改革，逐步提高缴存职工解决自 住住房的能力。但通过实际缴存情况发现，各机关、企事业单位广泛存在着“补 充公积金”和“逆向补贴”等现象，通常表现为缴纳比例突破缴存上限百分之十 二，变相为职工谋取福利，长此以往就会造成一种“就高不就低”的不公平性现 象。
从经济发展的角度来看，经济发达地区如北京、上海、深圳等一些特大城市， 住房公积金的缴存额度明显高于经济欠发达地区。不同行业、不同地区、不同收 入群体间公积金的缴存金额存在着非常明显的差异。在强制储蓄下低存低贷的原则，并没有完全考虑低收入者的实际情况，因此，住房公积金制度中隐性地存在 社会分配不公和扩大收入差距的问题。
目前，一般中低收入群体才会存在住房难的问题，而真正需要国家扶持的 也正是这部分群体，他们需要住房公积金来解决他们的刚需住房，我国住房公积 金制度在实际的执行过程中对解决城镇中低收入群体的住房保障问题效果就非 常有限。
贷款环节问题
住房公积金制度贷款方面通常采用低存低贷的存贷原则。不同地区和不 同行业的收入差距较大，住房公积金的存款人和住房公积金的贷款人、住房公积 金的存款总额和住房公积金的贷款总额之间都不能很好匹配。
住房公积金贷 款发放不仅要考虑人们的住房公积金累计总金额，同时也还要考虑人们的偿还能 力。高收入人群和中低收入人群相比较，收入高的人还款能力比收入低的人还款 能力强，因此，可以看出我国的住房公积金制度存在着“劫贫济富”的实际状况。
公积金制度发挥了相反的作用不仅没有为低收入人群解决困难，反而将大部分政 策优惠提供给了收入高的人群；不但没有体现互助互惠的功能，还将逆向保障和 逆向补贴体现的淋漓尽致，拉大了缴存职工之间的差距， 当前从我国住房公积金的使用情况可以看出，这项制度互惠互助的原则逐渐 弱化，取而代之的则是中低收入群体反向补贴高收入群体购买住房。
当前出 现一种高收入人群利用大部分低收入人群的储蓄形成的资金池，并且以一个较低 的利率申请住房公积金贷款购房的混乱局面，导致“劫富济贫”乱象频发。
住房公积金的使用方式和提取的条件门槛一直是中低收入家庭长期 以来最大的困扰。近几年国家发布了相关文件可放宽提取门槛，各地也纷纷调整 制度内容，但是在公积金的贷款业务上，仍然有相当一部分中低收入家庭无法得 到公积金贷款，制度上仍然存在着一些不公平的现象。
还有很多遭人诟病的方面， 例如：一些地方办理公积金贷款的手续非常繁琐，各种复印件非常多，并且公积 金管理中心跑了很多遍，明明是要取自己账户里的钱，却还要看他人的脸色；并 且不少职工经常抱怨账户中的资金常年趴在账上，可产生的利息收益非常少，但 提取的前置条件却十分苛刻。部分楼盘为了快速回笼资金，竟然明目张胆地“拒 收”公积金，使得相当一部分中低收入群体的基本住房无法得到满足。